산티아고는 양들을 몰고 물과 먹이를 찾아 이년을 돌아 다니고 있다. 양들이 자신의 일과에 익숙해진 건지 자신이 양들의 일과에 익숙해 진 건지 서로 생채리듬이 같아지는 것만 같다. 양들에게 자기가 읽은 책의 내용, 동네에서 들은 내용들을 이야기해 준다. 이틀전부터는 일년전 친구의 소개로 알게 된 모직가게 상인의 딸에 관해서만 입에 올리고 있다.
상인에게 양털을 팔려한다고 하니 바쁘니 저녁까지 기다리라고 했다. 기다리는 동안 책을 읽고 있었는데 딸이 다가와 양치기도 글을 읽을 줄 아네요 하고 말을 걸어 둘이 이야기를 나누는데 산티아고는 이 순간이 너무도 좋아 상인이 사흘쯤 더 기다리라고 했으면 좋겠다 생각 했다. 이 검은 머리 소녀와 마을에 정착해 살고 싶은 생각과 그러면 하루하루가 새로울 것 같은 벅찬 기대를 안았었다.
이제 나흘후면 그 마을을 다시 찾게 된다. 거의 똑같은 꿈을 두번이나 꾸었다. 산티아고는 안달루시아 평야를 이년이나 돌아다니며 여행을 하고 있다. 바로 여행이 산티아고에게 존재 의미이다. 산티아고는 그 소녀에게 양치기들중 한 사람이 아닌 특별하 생각나는 존재가 되어 있었으면 했다. 이번에는 글을 어떻게 해서 배웠는지 말해주고 싶었다. 열여섯 살까지 신학교에 다녔으며 그 부모는 그가 신부가 되어 시골 집안의 자랑이 되어 주기를 바랐다. 그는 더 넓은 세상을 알고 싶어 아버지에게 신부가 되는 길을 포기하고 싶다고 했다. 어버지는 우리 같은 가난한 사람은 세상을 떠돌기 위해서는 양치기 밖에 없다며 언젠가 주은 금화 세개를 주며 양을 사고 우리성과 마을 여자들이 가장 아름답다는 것을 배울 때까지 맘껏 돌아다니라며 축복을 빌어 주었다.
산티아고는 타리파에 들러 헤몽을 잘하는 노파를 찾아간다. 산티아고는 꿈에서 아이가 앙떼와 놀다가 그를 이집트 피라미드로 데려가서 이곳에 오면 숨겨진 보물을 찾게 될거라며 그곳을 가리키려 할 때 두번이나 꿈에서 깨었다고 했다. 노파는 헤몽하기 전에 십문의 일을 자기에게 주겠다고 맹세하라 했다. 노파는 단순히 이집트에 가게 되면 부자로 만들어줄 보물을 발견할 거라 한다.
산티아고는 광장에서 한 노인을 만나는데 살렘의 왕이라 한다. 양의 십분의 일을 주면 보물을 찾아가는 길을 가르쳐 주겠다고 한다. 노인은 광장의 모래 위에 산티아고의 과거의 일을 쓴다. 노인의 품안에서 광채가 나온 것을 본다. 노인은 산티아고가 자아의 신화를 이룰 수 있게 되었다고 한다. 노인은 산티아고가 자아의 신화를 위해 살려 했는데 지금은 포기하려 하고 있어 나타났다한다. 그는 사람들이 그런 순간에 처해 있을 때 늘 이런 모습은 아니지만 나타난다 한다. 다음 날 정오 노인을 다시 만났다. 노인이 보석이 박힌 금으로 된 묵직한 흉패에서 흰색과 검은색의 보석을 하나씩 빼서 주었다. 검은색은 '예' 하얀색은 '아니오'를 뜻한다며 표지들을 식별하기 어려울 때 도움이 된다한다.
산티아고는 아프리카에서 스폐인어를 하는 같은 나이쯤 되는 남자를 만나 피라미드로 가는 길을 안내해 달라한다. 그러나 그에게 가진 돈을 전부 도난 당한다. 그는 새로운 세상에 와 있고 어떻게 보면 이것이 그가 원하던 일이었다는 것을 알게 된다. 이 세상은 도둑에게 가진 것을 몽땅 털린 불행한 피해자의 눈으로 볼 수 있지만 보물을 찾아나선 모험가의 눈으로도 볼 수 있다는 사실을 깨달았다. 이제 모험가가 되기로 결심했다. 전에 경험했던 것들도 있었지만 길을 떠난후에 새로운 눈으로 새삼스레 그 숨은 의미를 깨치게 되는 것들이 많았다.
크리스탈 가게에서 그릇을 닦고 식사를 얻어 먹을 때 주인이 가게에서 일하자고 한다. 피라미드를 가려면 막대한 돈이 들어 힘들다고 한다. 산티아고는 의욕상실된 상태가 되고 일을 하겠다고 한다. 양을 살돈이 필요하다고 말했다. 산티아고가 가게에서 일하고 나서 장사가 잘 되었다. 가게 앞에 진열대를 설치하고 크리스탈 잔에 차를 파는 것이 추가 되었다. 열 한달 구일이 지난 날, 양 백스무마리를 사고 고향으로 돌아갈 여비 등의 충분한 액수의 돈이 있었다. 떠나기로 했다. 상점 주인은 메카에 여행하는 것이 꿈이다 했다. 그러나 꿈을 실현하고 나면 살아갈 이유가 없어질까 두렵다 했다. 산티아고는 아프리카에 온 첫 날의 그 카페에 다달았고 그 곳에서 그는 생각했다. 양들은 언제든지 칠 수 있고 다시 크리스탈 장수가 될 수도 있었다. 지금 돈도 시간도 충분하다 이 세상에는 어쩌면 다른 보물들이 더 많이 숨겨져 있을지도 모랐다. 고향으로 돌아 가려는 마음을 바꿨다. 커다란 그쁨을 느꼈다. 피라미드가 그렇게 먼 곳에 있는지 알아보기 위해 대상들의 창고로 향했다. 창고에는 영국인이 있었다. '철학자의 돌'과 '불로장생의 묘약'을 발견했다는 알파이윰 오아시스에 산다는 이백살이 넘는 아랍인 연금술사를 만나기 위해 여행중인 사람이었다. 그의 삶과 공부는 오직 우주의 유일한 언어를 찾는데 바쳐져 왔다. 그 우주의 언어를 알고 있는 한 사내 연금술사를 만나기 위해 지금 여기에 있다. 산티아고는 사막을 건녀며 사막의 과대함에 비해 인간의 미미한 존재라서 침묵하게 됨을 알게 된다. 친해진 낙타몰이 꾼은 "우리 인간들이 두려워 하는 것은 목숨이나 농사 일처럼 우리가 현재 갖고 있는 것들을 잃는 일이지만 이러한 두려움은 우리의 삶과 세상의 역사가 다같이 신의 커다란 손에 의해 기록되어 있다는 것을 이해하고 나면 단숨에 사라지는 거라오"라며 말했다. 영국인은 지구상에 존재하는 모든 것은 정기를 지니고 있다고 한다. 사람은 무언가를 진심으로 바랄 때 만물의 정기에 가까워 지며 그것이야말고 중극의 힘이라고 한다. 산티아고는 오아시스에서 표지를 만난다. 정체도 모르는 채 오랜 세월 기다려 온, 책 속에서, 양들 곁에서, 크리스털 가게와 사막의 침묵속에서 찾아 헤매던 바로 그 표지, 사랑이었다. 그녀의 이름은 파티아였다.
산티아고는 표지를 발견하고 오아시스로 전사들이 쳐들어 올거라고 부족장들에게 알린다. 부족장의 수장은 회의 끝에 내일 무기를 전사들에게 나누어 주고 열명이 죽을 때마다 금화 한 개씩을 주고 쳐들어 오지 않으면 산티아고를 죽일 거라고 한다. 산티아고는 천막으로 돌아오는 중에 백마탄 기사를 만난다. 기사는 칼을 치켜들고 어떻게 매들의 비행을 읽었는지 지탄하고 내일 목이 붙어 있으면 가기를 찾아오라 한다. 그는 연금술사였다.전사들은 쳐들어 왔고 몰살 당해 산티아고는 금화 오십 개를 받고 고문이 되어 달라는 청을 받는다. 연금술사는 피라미드로 향할 것을 말한다. 그러나 산티아고는 파티마가 보물이라 오아시스에 남고 싶어한다. 연금술사는 산티아고를 설득하고 둘은 길을 떠난다. 파티마에게는 돌아오겠다고 하고 파티마는 돌아오기만을 기다리겠다고 한다.
산티아고는 보물을 찾아가는 동안의 모든 날들은 빛나는 시간이었고 보물을 찾아가는 길에서 이전에 결코 꿈꾸지 못했던 것들을 발견했다라는 것을 알게 되었다. 그의 마음이 그에게 속삭였다. 모든 인간에게는 그를 기다리는 보물이 있다. 그 보물 찾으려 하지 않고 운명이 이끄는 대로 그냥 내버려 둔다. 자기 앞에 그려진 자아의 신화와 행복의 길을 떠나는 사람은 거의 없다.
연금술사와 산티아고는 푸른 옷을 입은 병사에게 이끌려 그들의 주둔지로 갔다.금화 등 모든 돈을 주고 사흘간의 시간을 벌었다. 그후 바람으로 변하는 것을 보여 주어야 한다. 연금술사는 자아의 신화를 이루지 못하게 하는 것은 두려움뿐이라 말한다. 자아의 신화 존재를 모르고 죽는 사람보다는 자아의 신화를 살다가 죽는 것이 낫다한다. 사흘후 산티아고는 바람에게, 해에게 바람으로 변하게 해달라고 말한다. 다를 할 수 없다고 한다. 해가 모든 것을 기록한 손에게 부탁해 보라한다. 만물의 정기란 신의 정기의 일부이며 신의 정기가 곧 그 자신의 영혼임을 깨닫고 자신이 기적을 이루어 낼 수 있다는 것을 알았다. 바위 위에 있던 산티아고는 시뭄이 잠잠해 질 때 막사 저편 거의 모래에 묻혀 있다시피 한 보초 옆에 조용히 서 있었다. 다음 날 연금술사와 둘은 떠날 수 있었다.
연금술사와 헤어지고 산티아고는 피라미드로 간다. 그 곳에서 자신의 눈물이 떨어진 곳을 파고 있는데 병사들이 와서 꿈을 꾸었다고 사막을 건너 여기까지 오는 바보는 없다고 자기도 꿈에서 스폐인의 다 쓰러져 가는 교회의 무화과나무 아래에 보물이 숨겨져 있는 것을 되풀이 꾸었다고 한다.
산티아고는 교화 무화과나무 밑에서 스폐인의 옛 금화가 가득 담긴 궤짝을 발견한다. 파티마에게 달려가겠다 다짐한다.
보물을 찾아가는 도중 여러 시련과 포기의 순간이 있었으나 끝까지 자아의 신화를 위해 나아가는 산티아고의 이야기이다. 여러 사람을 만나며 보물과도 같은 명언들을 듣고 깨닫는다. 그리고 마침내 표지를 놓치지 않고 알아 봐서 보물을 찾게 된다. 글을 읽는 도중 보물은 내적 깨달음이 아닐까 생각하며 읽었는데 물적 대상인 금화 등의 보물이라는 것을 알고 약간은 실망 스러웠다. 또한 전체적인 분위기상 바탕은 기독교적 이념이라 생각하는데 글 도중의 명언 등이 불교 철학이 많이 담겨 있어서 조금은 혼란 스러웠다.