자연선택에 의한 진화가 일어나려면 생물이 번식하여 자신의 복사본을 만들어야 하는데, 이때 다음 세대의 복사본이 자신과 완벽하게 똑같이 복사되지 않고 다양한 변이가 나타나야 한다. 이렇게 다양한 변이가 나타났을 때 자식 세대 일부가 어떤 이유에서든 나머지보다 번식에 성공한다면 성공에 도움이 된 그 특질이 이후 세대로 퍼질 것이다. 즉 선택될 것이다. 그러나 이 선택에 참여하려면 번식할 수 있을 정도로 오래 살아야 하며, 오래 살면서 번식을 많이 할수록 좋다. 그러므로 다윈의 이론은 다음처럼 깔끔하게 한 문장으로 요약할 수 있다. 진화는 사실이다. 자연에서, 특히 찰스 다윈의 연구로 유명해진 갈라파고스 제도의 핀치새들에서, 지구의 생물이 남긴 화석 기록에서, 또 '슈퍼세균'이 항생제에 대한 내성을 키워 나가는 것에서 진화가 일어나고 있음이 관찰된다. 이 사실을 설명하기 위해 여러 이론이 제시됐다. 사물이 아래로 떨어지고 행성이 태양을 도는 궤도를 유지한다는 사실을 설명하기 위해 아이작 뉴턴과 알베르트 아인슈타인이 중력 이론을 제시한 것과 마찬가지다. 뉴턴의 이론이 여러 목적에서 상당히 좋기는 하지만, 오늘날 가장 좋은 중력 이론은 아인슈타인의 일반상대성이론이다. 관찰되는 사실을 잘 설명하고 있다는 뜻에서 그렇다. 관찰되는 사실을 잘 설명한다는 의미에서 오늘날 가장 좋은 진화 이론은 자연선택 이론이다. 그러나 뉴턴의 중력 이론이 그 분야의 최종판이 아니었듯 자연선택 이론 역시 이 분야의 최종판이 아닐 가능성이 있다. 하지만 아인슈타인이 뉴턴의 이론을 개량했다고 해서 사과가 나무에서 떨어지기를 멈추지 않은 것처럼, 누군가가 다윈의 이론을 개량한다고 해서 생물이 진화를 멈추지는 않는다. 지구상의 생물이 복잡한 정도에 따라 각기 순서대로 자리를 잡고 있는 '존재의 거대한 사슬' 내지 '생명의 사다리' 관념을 그리스도교 사상가에게 전해 준 것도 아리스토텔레스였다. 물론 가장 꼭대기 자리는 인간이 차지한다. 그는 생물의 속성을 보면 '최종 원인'이 있다는 것을 알 수 있다고 했다. 다양한 생물이 제각기 어떤 목적을 위해 설계됐다는 말이다. 그러나 우리가 볼 때 똑같이 흥미로운 것은 선배격인 엠페도클레스Empedocles(기원전 490년경~기원전 430년경)의 사상을 반박하기 위해 아리스토텔레스가 공을 들였다는 사실이다. 엠페도클레스는 생물의 형태는 우연히 생겨났을지도 모른다는 이론을 내놓았는데, 다른 사람으로부터 이런 반응을 이끌어 낼 정도라면 그의 생각이 당시 어느 정도 영향력이 있었음이 분명하다. 이것은 진화 이론이 아니지만 어떤 면에서 자연선택 관념이 개입되어 있는 것은 확실하다. 아리스토텔레스는 오로지 얼토당토않고 불합리하다는 말을 하기 위해 엠페도클레스의 자연선택 과정을 설명한다.
초기 그리스도교회의 몇몇 중요 인물은 창세기에 나오는 창조 이야기를 문자 그대로 받아들여서는 안 된다는 것을 깨닫고, 설령 모든 것이 하느님의 인도라 할지라도 지구상의 생물은 더 원시적인 기원으로부터 발달했을 수밖에 없다는 것을 알아보았다.
그래서 공식 노선은 우리가 주위에서 보는 세계는 하느님이 설계한 그대로 고정불변하다는 것이었다. 생물에 관한 한 존재의 사슬 내지 사다리가 올바른 이미지였다. 각각의 종은 사슬의 한 고리 또는 사다리의 한 가로장을 차지하며, 이 사다리는 실제로 제일 꼭대기에 있는 하느님으로부터 천사, 대부분 죽을 운명이지만 영혼이 있는 인간, 동물, 식물, 광물까지 내려간다. 이 이미지는 토마스 이후의 지배자들에게 막강한 도구였는데, 이것을 확장하여 사회에서 모든 인간은 각기 존재의 사슬 안에서 하느님이 정해 둔 자리가 있다고 말할 수 있기 때문이었다. 소작농이든 귀족이든, 거지든 왕이든 하느님이 그렇게 정리해 놓았기 때문에 자신을 운명을 받아들여야 했다. 자신의 지위를 낮춰 비천한 동물처럼 행동하면 죄가 되겠지만, 분수를 넘어 자신보다 지위가 높은 사람처럼 생각하거나 행동하는 것도 똑같이 죄가 됐다. 그러므로 기득권층에게는 이 생각을 장려할 확실한 이유가 있었다.
이렇게 그리스도교화한 플라톤/아리스토텔레스 세계에서는 어떤 종도 사슬의 한 고리에서 다른 고리로 옮겨 갈 수 없다.
